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株式会社薬研社

ID: J00111
ID: J00111
タカラバイオ / Active Motif

クロマチン免疫沈降サンプルの解析(ChIP-seq)

タンパク質とクロマチンの相互作用研究に


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 塩基配列解析(シーケンス解析)・ゲノム変異解析 > 各種メチル化解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【エピゲノムシーケンス】 > ChIP-Seq解析(クロマチン免疫沈降サンプルの解析)

サービスについて

特長

  • 経験豊富なActive Motif社による作業
  • 細胞や組織からクロマチン免疫沈降サンプルの解析(ChIP-seq)を実施。バリデーション済み抗体も多数ご用意
  • RNA polymerase II結合サイトや、特殊修飾核酸(5hmC)の検出なども対応可能

概要

転写調節因子やヒストン修飾研究で利用されるクロマチン免疫沈降サンプルの網羅的解析を行います。
高感度で微量サンプルから解析可能な次世代シーケンサーを用いる手法は、DNAとタンパク質の相互作用を解明するツールとしても大変注目されています。転写調節因子の相互作用領域推定、修飾ヒストンのゲノム上へのマッピングやDNAメチル化領域の推定などにご利用いただけます。また、標的タンパク質とともに免疫沈降したその他タンパク質の解析も可能です。

サービス内容

培養細胞、組織をご提供いただき経験豊富なActive Motif社でChIP反応を実施いたします。ChIP産物はHiSeq等を用いて網羅的にシーケンスを行います。取得した配列は参照ゲノムにマッピングし、リードの集中する箇所をエンリッチ領域として検出、アノテーション情報を付与してリスト化します。コントロールサンプル(input)の解析を加えることで、バックグラウンドノイズを抑えた高精度の解析が可能です。さらに、マッピングの様子はUCSCゲノムブラウザにて閲覧可能な形式で納品いたします。

  • 作業の流れ
    1. お問い合わせ
      Active Motif社担当者と実験計画を相談可能です。
    2. 検体送付
      固定化した培養細胞、または凍結組織を送付いただきます。お客様が準備される抗体でも対応可能です。
    3. ChIP反応
      クロマチンの調製、およびChIP反応をActive Motif社にて実施いたします。ChIP反応の成功をqPCRにて確認いたします。
    4. シーケンス
      イルミナ社シーケンサーを用いてシーケンスいたします。 検体あたり数千万tagを取得します。
    5. データ解析
      研究内容に合わせて、解析ソフトを使い分けます。検体間比較結果も納品いたします。

    [オプション解析]

    インタラクトーム解析(RIME)
    RIME (Rapid Immunoprecipitation Mass spectrometry of Endogenous proteins) は、標的タンパク質と一緒に免疫沈降されるタンパク質を質量分析により推定する手法です。

    作業の流れ
    1. 核の単離およびソニケーション
    2. 免疫沈降
    3. タンパク質の精製およびトリプシン消化
    4. 質量分析
    5. データ解析

納品物

  • Summary Report
  • シーケンスデータ一式(fastq)
  • マッピング情報(bam)
  • ChIP解析結果一式(Excel)
  • UCSC閲覧ファイル(BED,bigWigURL)

[納品データ例]fig.1)(fig.2

受入サンプル

  • ChIP解析の場合

    提供物 サンプル量 処理方法
    培養細胞 5×106~2×107 cells 別途固定方法をご連絡いたします
    組織(B細胞・T細胞含む) 100~200mg 液体窒素で凍結後、-80℃保存した組織
    FFPEサンプルも対応可能
    抗体 10μg以上 ActiveMotif社にてバリデーション済み抗体の場合は提供不要

    *上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。


ご注文に関して

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製品カタログ・リーフレット

参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
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 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。