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タカラバイオ / タカラバイオ ID: J00110

de novo ゲノム解析 ID: J00110

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バクテリアや真核生物のゲノム配列構築

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サービスについて

特長

  • ロングリードシーケンサーを用いた高精度なゲノム配列構築が可能
  • 微生物から高等生物まで豊富な実績
  • 有用遺伝子の探索や比較解析などのバイオインフォマティクスも充実

概要

ゲノムDNAを御提供いただき、PacBioロングリードシーケンサー（パシフィックバイオサイエンス社）を用いてシーケンスデータを取得し、アセンブルにより非モデル生物のゲノム配列を構築します。HiFi Readを用いた解析により、高精度なコンティグ配列を取得します。
構築されたゲノム配列は、参照ゲノム配列として活用、有用遺伝子の探索、遺伝子クラスターの解明、変異解析など様々な解析にご利用ください。

サービス内容

HiFi Readを用いたロングリードシーケンス解析により高精度なコンティグ配列を取得します。
  • HiFi Read（CCS：Circular Consensus Sequencing）
    　 約15～20kbのライブラリーのインサート領域を複数passシーケンスして得られるQV20以上の精度の高いリードでの解析が可能です
    • 【取得データ量の目安】（fig.1）
    生物種のゲノムサイズや解析の目的に応じて、取得データ量を選択いただけます。

      fig.1 シーケンスモードと取得データ量の目安
      ＊ 相乗り解析サービスのシーケンスデータ量目安は、1Gbase／検体程度です。

      ゲノムサイズ 取得データ量目安 ゲノムサイズに対する 推奨冗長度 アセンブル ソフトウェア 納品配列
      ～20Mb 約1Gb
      相乗りシーケンス       		約50倍 Flye コンティグ配列
      ～100 Mb 約15Gb／1セル 約50倍 IPA
      100Mb～ 約15Gb／1セル 約20倍 hifiasm

      ＊ シーケンスデータ量はゲノム品質、サンプルによって変わるため、データ量の保証は行っておりません。

      【オプションサービス】
      • ゲノムDNA抽出
      • 遺伝子予測解析
        CDS領域、non-coding領域、tRNA領域の予測、アノテーション情報取得などを行います。

    納品物

    • 作業報告書
    • シーケンスデータ（BAM形式、fastq形式）＊ fastqファイルはHiFi Readの場合の納品物です。
    • アセンブル結果　*1（コンティグ配列、統計情報）
      • 　*1 アセンブルご依頼の場合

    受入サンプル

    • 生体サンプル等

      サンプル量 搬送温度
      菌体ペレット（細菌） 40mg／本を2本分程度（＊） 冷凍
      菌体ペレット（真菌） 200mg／本を2本分程度（＊）
      組織・細胞 お問い合わせ

      ＊ 1.5mLマイクロチューブに入れて送付ください。

    • ゲノムDNA

      以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
      サンプル量 濃度 純度
      OD260/OD280 OD260/OD230
      HiFi Read 13μg以上 50ng/μl以上 1.6以上

      ・DNAはReduced EDTA TE buffer（10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0）もしくは滅菌水に溶解してください。
      ・DNA抽出はフェノール／クロロフォルム法または長鎖DNA抽出用キットを使用してください。抽出後は凍結せず冷蔵（4℃）で、
      　できるだけ早くサンプルをご送付ください。上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
      ・パルスフィールドゲルまたは0.3％アガロースゲル電気泳動にて50 kb以上に明瞭なバンドが検出され、分解および低分子の混入がみられないことをご確認ください。
      ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

    ご注文に関して

    お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

    製品カタログ・リーフレット
    ロングリード相乗りシーケンス de novo ゲノム解析

    参考価格・納期

    サービス項目 価格（税抜） 納期
    de novo ゲノム解析 お問い合わせ お問い合わせ

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    • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
    • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
    • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
    • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
    • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
    • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
    • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
    • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
    • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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