de novo ゲノム解析 ID: J00110

印刷

バクテリアや真核生物のゲノム配列構築

カテゴリ

サービスについて

ゲノムDNAを御提供いただき、ロングリードシーケンサーSequel IIを用いてシーケンスデータを取得し、アセンブルにより非モデル生物のゲノム配列を構築します。構築されたゲノム配列は、参照ゲノム配列として活用、有用遺伝子の探索、遺伝子クラスターの解明、変異解析など様々な解析にご利用ください。

HiFi Readを用いたロングリードシーケンス解析により高精度なコンティグ配列を取得します。

HiFi Read（CCS：Circular Consensus Sequencing）
　約15～20kbのライブラリーのインサート領域を複数passシーケンスして得られるQV20以上の精度の高いリードでの解析が可能です

【取得データ量の目安】（fig.1）
生物種のゲノムサイズや解析の目的に応じて、取得データ量を選択いただけます。

ゲノムサイズ	取得データ量目安	ゲノムサイズに対する推奨冗長度	アセンブルソフトウェア	納品配列
～20Mb	約1Gb 相乗りシーケンス	約50倍	Flye	コンティグ配列
～100 Mb	約15Gb／1セル	約50倍	IPA
100Mb～	約15Gb／1セル	約20倍	hifiasm

＊シーケンスデータ量はゲノム品質、サンプルによって変わるため、データ量の保証は行っておりません。

【オプションサービス】

生体サンプル等

＊ 1.5mLマイクロチューブに入れて送付ください。

ゲノムDNA

以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

サンプル量濃度純度

OD₂₆₀/OD₂₈₀ OD₂₆₀/OD₂₃₀

HiFi Read 20μg以上 70ng/μl以上 1.6以上

・DNAはReduced EDTA TE buffer（10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0）もしくは滅菌水に溶解してください。
・DNA抽出はフェノール／クロロフォルム法または長鎖DNA抽出用キットを使用してください。抽出後は凍結せず冷蔵（4℃）で、
　できるだけ早くサンプルをご送付ください。上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
・パルスフィールドゲルまたは0.3％アガロースゲル電気泳動にて50 kb以上に明瞭なバンドが検出され、分解および低分子の混入がみられないことをご確認ください。
・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

	サンプル量	濃度	純度
OD₂₆₀/OD₂₈₀	OD₂₆₀/OD₂₃₀
HiFi Read	20μg以上	70ng/μl以上	1.6以上

お問い合わせフォームよりお問い合わせください。

製品カタログ・リーフレット

サービス項目	価格（税抜）	納期
de novo ゲノム解析	お問い合わせ	お問い合わせ