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株式会社薬研社

ID: J01089
ID: J01089
コスモ・バイオ / 東北化学薬品

遺伝子発現データ解析サービス『MOGERA® -Arrayアシスト』

Viewerを付属してお届けいたしますので、解析内容について手軽に細部までご確認いただくことが可能です。


カテゴリ
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > 遺伝子発現解析・網羅遺伝子解析
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > データマイニング

サービスについて

特長

  • 研究目的に沿った解析を提供
    「自分では膨大なアレイデータの発現解析は難しい」「アレイに詳しい人に偏りのないデータ解析を実施してほしい」 「でも、受託だと自分の目的に沿った結果が得られないのでは」…東北化学薬品株式会社のMOGERA® -Arrayアシストは、解析担当者が事前の打合せで解析ご要望や着目されているキーワードをお伺いし、 解析方針をディスカッションさせていただきます。
    打合せ内容を踏まえた遺伝子発現解析を実施し、報告書にてご報告いたしますので、お客様の研究目的に沿った解析のご提供が可能です。

  • 広範囲のデータに対応
    各社マイクロアレイチップに対応しており、アレイメーカーや実験生物種に制限はございません。
    * ただし、カスタムアレイのデータをご希望の場合は、事前にご相談ください。

  • 最新アノテーション情報の提供(fig.1
    公共遺伝子データベースNCBI(National Center for Biotechnology Information)より取得した遺伝子の最新アノテーション情報をご提供いたします。 過去に実験されたアレイデータを現在のアノテーション情報に更新して再解析したい場合にも、是非ご活用ください。
    * NCBI以外のデータベースの情報の利用や、BLAST検索によるホモログ遺伝子からの情報補足にも対応しております。

  • 解析報告書+データViewer(fig.2
    解析内容について、より深くお客様にご理解頂けるよう、報告書に自社で開発したViewerを付属いたしました。 アレイデータのScatter Plot(散布図)やLine Graphを描画したり、選択した遺伝子のアノテーション一覧を表示させたり、 報告書の内容を詳細表示させて保存することが可能です。
    また、GeneOntologyのBrowserや遺伝子セット解析(PAGE解析)の結果表示機能も搭載しております。 報告データを更に深く考察いただく際の、生物学的解釈をサポートいたします。

基本メニュー

  • マイクロアレイデータの正規化
    お預かりしたアレイデータのシグナル値は、Agilent Technologies社製 遺伝子発現解析ソフトGene Spring GXにより、 必要に応じてシグナル値を正規化および補正いたします。また、反復実験サンプルを含む場合は、各群のシグナル値の平均値を算出し、解析に用います。
  • アノテーション情報の取得
    公共遺伝子データベースNCBI(National Center for Biotechnology Information)より取得した遺伝子の最新アノテーション情報をご提供いたします。 アノテーションの仕様は生物種により異なりますので、詳細についてはお問い合わせください。
  • データ品質確認
    マイクロアレイスキャナー付属の各種ソフトウェアから出力されるフラグ情報やシグナル強度により、 各プローブセットのシグナルデータについて品質評価を行います。
  • 発現変動遺伝子抽出(fig.3
    比較する2群間で発現量に変動が見られた遺伝子の一覧を作成します。
    付属のViewerから、各プローブのシグナル値やアノテーション情報の一覧、GO(Gene Ontology)カテゴリー、GenMAPP(GeneMap Annotation and Pathway Profiler) パスウェイによる分類結果をご確認いただけます。
  • GO解析(fig.4
    遺伝子のGO情報を用いて統計解析を行い、遺伝子群の特徴抽出を行います。遺伝子産物を生物学的プロセス、分子機能、細胞構成要素によって分類したGOカテゴリー情報を用いて、抽出した遺伝子群を構成するカテゴリーの割合を全遺伝子と比較します。
    付属のViewerから、GOカテゴリーと遺伝子の分類状況をご確認いただけます。
  • 遺伝子セット解析(PAGE解析)(fig.5
    遺伝子のGenMAPPパスウェイ情報を用いてPAGE解析を行い、パスウェイレベルで同調した発現傾向を示す遺伝子群を抽出します。各パスウェイに属する遺伝子の平均発現量の増減を判定することで、複数遺伝子の発現変動が及ぼす影響について検討が可能です。
    さらに付属のViewerから、GenMAPPパスウェイ図をご確認いただけます。

オプションメニュー

  • BLAST検索
    BLASTによる配列相同性検索から遺伝子のホモログ情報を取得することで、解析に用いる遺伝子情報の充実を図ります。 遺伝子情報の少ない生物種の解析に有用です。
  • ネットワーク解析
    既知の遺伝子間相互作用情報に基づき、遺伝子群に内在するネットワークの抽出と描画を行います。
  • クラスター解析(fig.6
    類似した発現パターンを示す遺伝子やサンプルを集めてクラスターを作成します。さらに、GO解析から各クラスターおよびクラスター間の生物学的解釈を検討します。
  • ベン図解析(fig.7
    複数のサンプルを比較し、共通に含まれる遺伝子やある遺伝子群のみに含まれる遺伝子について分類を行います。

サービスの流れ

  1. お申込み
    担当者までお申込み下さい。
  2. アレイデータの送付
    解析を希望されるアレイデータのコピーを、CD-ROMまたはDVD-ROMにてご送付ください。
  3. ディスカッション
    アレイデータの到着後、解析担当者よりお電話にてご連絡させていただきます。実験デザインや解析の目的を確認させていただきますので、 ご要望や解析のキーワード等を担当者にお伝えください。担当者とディスカッションいただいた内容から、解析方針が決定します。
  4. データ解析
    解析担当者がディスカッション内容を踏まえて遺伝子発現解析を実施し、遺伝子発現解析報告書を作成いたします。
  5. 納品
    解析報告書とViewer、および取扱説明書をCD-ROM又はDVD-ROMに格納し、お手元にお届けいたします。

注意事項

  • カスタムアレイの解析をご希望の方は、ご相談ください。
  • 納品物の閲覧には、Javaの実行環境(Java Runtime Environment)およびウェブブラウザ(Internet Explorer、Mozilla FireFox、Google Chrome等)が必要です。
  • ViewerはWindows®、Macintosh®に対応しております。Linux®をご利用の方は、ご相談ください。
  • Viewerの推奨動作環境は、MOGERA®-Array セルフと共通です。
    ソフトウェアの不具合については保証期間を2週間とさせていただきます。

お送りいただくもの

マイクロアレイ数値データおよびプローブ情報

納品物

解析報告書を含むViewerおよび取扱説明書(CD-ROMまたはDVD-ROMに格納)

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目価格(税抜)納期
1色法マイクロアレイのデータ解析2群¥200,00010営業日~
3群¥250,000
4群¥300,000
5群¥350,000
6群¥400,000
【オプション】BLAST検索¥50,000~/1件お問い合わせ
【オプション】パスウェイの発現値マッピング¥50,000~/1件
【オプション】ネットワーク解析お問い合わせ
【オプション】クラスター解析お問い合わせ
【オプション】ベン図解析お問い合わせ

* 7群以上のデータ解析および2色法実験データの解析など、その他の解析につきましては別途御見積いたしますので、お問い合わせください。
* 解析内容・オプションの追加により、お時間がかかる場合がございます。


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。