タカラバイオ / タカラバイオ ID: J00106

ショットガンメタゲノム解析 ID: J00106

サービスについて

特長

  • 次世代シーケンサーを用いたメタゲノムのショットガンシーケンス
  • 菌種組成および菌叢の持つ機能を解明
  • 糞便等様々なサンプルからのDNA抽出にも対応可能

サービス内容

メタゲノムDNAからショットガンライブラリーを作製後、イルミナシーケンサーを用いてシーケンスデータを取得します。取得したリードについて、データベース配列へマッピングすることで、菌種組成、また同時にアセンブルにより菌叢の持つ代謝機能を明らかにします。BacteriaだけでなくArchaea、Viruses(二本鎖DNAウイルス)、fungi、Microbial eukaryotes(藻類やプロトゾア)も解析対象に含まれます。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 系統分類・機能解析結果一式

受入サンプル

  • 生体サンプル等

    サンプル量 温度
    糞便 目安:200mg程度(小豆大)程度(*) 冷凍

    * 採取・送付方法について事前にお問い合わせください。

  • ゲノムDNA
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
    サンプル量 濃度 液量(目安) 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    ゲノムDNA 200ng以上 5ng/μL以上 40μL以上 1.6以上

    ・上記基準に満たない場合や土壌などの環境サンプルの場合は、別途お問い合わせください。
    ・DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
    ・電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入及び分解がないことをご確認ください。


【サンプル送付容器について】
・ゲノムDNAサンプルは、1.5mLチューブでご提供ください。
 24検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

<推奨プレートおよびシール>
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates(Eppendorf社, No. EP-0030128.648)
・タイタースティックHCフィルム(WATSON社, No. 547-KTS-HC)

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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