オープンソースソフトウェアやRの実行、解析プロトコルと解析結果の記録まで、1つの環境でデータ解析が完結
Amelieff Quick Start Package
PCに専用のソフトウェアをインストールして利用するデータ解析支援システムです。データ解析の効率化に貢献します。
- 検証済みの解析プロトコルを用いて、高次解析まで3ステップで実行
研究論文を参考に組み上げた検証済みのアメリエフ独自の解析プロトコルをご提供します。ベーシックな解析に加え、解釈できる結果を得るための高次解析まで、一連のデータ解析を3ステップで実行することができます。スタンダードな解析はすぐに実行することができます。解析の進捗、結果結果の図表は、操作画面にリアルタイムで表示されます。トレンドの解析を、再現・検証・導入するハードルを下げます。
- Linux,Rを用いた実行から記録まで、解析環境を1つに集約
R、Python、Linux、Jupyter notebook、解析に必要な各種オープンソースソフトウェアをパッケージ化いたしました。これまでは、Linuxサーバに加え、解析用のパソコンを準備するのが一般的で、使用するソフトウェアに合わせて解析環境を変えたり、ファイルを移動させたり、解析環境毎にプロトコルを用意する必要がありました。このパッケージを利用すると、解析に必要な環境やソフトウェアを複数用意する必要はありません。ひとつのノートブックから解析を実行する感覚で解析を行えます。
- データ解析の柔軟な拡張性と再現性の確保
データ解析の過程で必要になった、手順のブラッシュアップや新しい手法の追加などをプラットフォームに縛られず行うことができます。また、実行した手順は記録に残るため、実行した解析環境と手順、解析の意図や結果まですべてのノウハウを保存・再現できます。解析を進める過程や、論文が投稿され受理されるまでの期間、複数バージョンの解析環境を維持・保存することができます。使用方法に加え、解析のお困りごとまでしっかりサポートいたします。
機能
- QC
◆集計・可視化
◆低クオリティ遺伝子および細胞の除外
- 次元削減とクラスタリング
◆次元削減（PCA、UMAP）
◆クラスタリングおよびUMAP上の可視化
- 各クラスターにおける高発現遺伝子の同定
◆クラスター毎に発現が異なる遺伝子を探索
◆細胞腫に特異的に発現するマーカーからクラスターを識別
- Feature plot 作図
◆着目遺伝子の発現量を次元圧縮図上にプロットし可視化
- 機能解析
◆Gene Ontology解析
◆パスウェイ解析
◆擬似系譜解析
◆データ統合
◆全クラスターにおける２群間発現比較
◆オブジェクト保存
解析プロトコル
- シングルセルRNAseq解析
◆発現マトリクスデータから、Seurat を用いた細胞クラスタリング・細胞分類
◆monocleを用いた疑似系譜解析/Velocytoを用いたRNA velocity解析
- RNAseq解析
◆QCからリファレンスゲノムへのマッピング
◆発現定量、主成分分析、階層的クラスタリング
◆発現変動遺伝子の検出、二群間の発現比較結果の可視化
◆パスウェイエンリッチメント解析、GOエンリッチメント解析
- 遺伝子パネル/WES解析（ヒトゲノム）
◆WESデータを用いたReseq解析
◆QCからリファレンスゲノムへのマッピング、重複リードの除去
◆変異検出、フィルタリング、アノテーション
◆IGVによる可視化
- 微生物de novoアセンブル・菌種同定
◆Qiime2によるメタゲノム解析
◆ロングリード/ショートリードシーケンスデータでのde novoゲノム解析
